دوران
در هنگام حیات محمد
علی یکی از کاتبان قرآن بود. او برای رهبری چندین مأموریت مهم انتخاب شد. پس از هجرت، محمد هنگامی که میان مهاجرین و انصار پیوند برادری می‌بست، علی را به‌عنوان برادر خودش برگزید.[??]
در جنگها
علی تقریبا در تمام لشکرکشی‌های دوران محمد شرکت داشت. او معمولا علم دار سپاه محمد بود و تنها در دو لشکرکشی (فدک در سال ششم هجری و لشکر کشی یمن بسال ده هجرت) فرمانده سپاه اسلام بود.[?]شجاعت و دلاوری علی در جنگها شهرت یافت. در غزوه بدر علی به‌تنهایی بیش از یک سوم افراد دشمن را کشت. در غزوه احد و حنین از محمد دفاع کرد و در غزوه خیبر از خود رشادت‌ها نشان داد. علی نویسنده متن صلح حدیبیه بود. در هنگامی که ابوبکر حج را رهبری میکرد، محمد سوره? «برائت از مشرکان (توبه)» را به وسیله? علی به مکیان ابلاغ کرد. در فتح مکه او کسی بود که برای شکستن بت‌های درون کعبه و دیگر بت‌هایی که توسط قبیله‌های اوس و خزرج و طیء پرستیده می‌شد، انتخاب شد.[??]
در یکی از نبردهای تن‌به‌تن وی، نبرد با عمرو بن عبدود یکی از پهلوانان بزرگ عرب در جنگ احزاب بود که با حیلتی بر او پیروز شد.[??][??]
غدیر خم
یک نقاشی که اعلان خلافت علی را توسط محمد در غدیر خم نشان میدهد.
هنگامی که محمد از آخرین حج خود در سال ??? میلادی باز می‌گشت. خطابه‌ای در مورد علی ایراد نمود که توسط شیعه و سنی بسیار متفاوت تفسیر شده‌است. مطابق با روایت هر دو گروه محمد گفت که علی وارثش و برادرش و کسی است که هر کس پیامبر را به عنوان مولایش (رهبر یا دوست قابل اعتماد) بپذیرد( کلمه مولا مرتبط است با ولایت(با کسر واو) یا وَلایت(با فتح واو) که حکومت، شروع مبادرت، غلبه معنوی و قدرت معنی میدهد)باید او را نیز به عنوان مولایش بپذیرد. شیعیان این بیان را به معنی تعیین علی به جانشینی پیامبر و اولین امام می‌دانند. اهل سنت در مقابل تنها اظهار نزدیکی پیامبر به علی می‌دانند و اظهار خواسته اش که علی به عنوان پسر عمو و فرزند خوانده اش جانشین او در مسئولیت‌های خانوادگی اش پس از مرگ شود. [?] بنظر می‌رسد که اولین تاریخنگاری که واقعه غدیر خم را ثبت کرده‌است تاریخ نگار شیعه؛ یعقوبی در نیمه دوم قرن سوم هجری بوده‌است. [??]
پس از مرگ محمد تا پیش از خلافت
دوران خلافت ابوبکر
در زمان انتخاب ابوبکر بعنوان جانشین محمد، علی، عباس و دو پسرش فضل و قثم و دو برده آزاد شده پیامبر زید و شغران[??] به همراه طلحه و زبیر و جمعی از صحابه محمد، مشغول خاکسپرای محمد بودند.[?] هرچند عباس عموی محمد و آنچنان که گفته می‌شود ابوسفیان از علی خواستند تا جامعه اسلامی را در کنترل خاندان بنی هاشم بگیرد او هیچ تلاشی در این زمینه نکرد.[?] اما بنا بر نقل منابع تاریخی علی بعدا در نامه به معاویه می نگارد علت رد این پیشنهاد بیم پراکندگی امت بوده است.[??] علاوه بر آن طبری در تاریخ خود نقل کرده است که گروهی از مخالفان ابوبکر از جمله زبیر در خانه فاطمه گرد آمدند و عمر با تهدید به آتش زدن خانه آنها را بیرون کشاند. علی بعدا مکرر می گفت که اگر چهل یاور داشت قیام می کرد.[??] هنگامی که این افراد که از اولین مخالفان ابوبکر بودند بتدریج ابوبکر را به رسمیت شناختند، علی تا شش ماه از بیعت با ابوبکر سرباز زد.[?]
در مورد جانشینی علی، مورخان و دانشوران تاریخ اسلام عموما یا دیدگاه اهل سنت را پذیرفته‌اند و یا اینکه حقیقت موضوع را غیر قابل کشف دانسته و از آن رد شده‌اند. یکی از مورخینی که از این سنت رایج جدا شده‌است ویلفرد مادلونگ می‌باشد.[??] ویلفرد مادلونگ در دانشنامه اسلام اصلی ترین ادعاهای شیعه را دیدگاه خود شخص علی می‌داند زیرا به عقیده او علی خود را شایسته ترین فرد برای خلافت در مقایسه با دیگر صحابه می‌دانست و کل جامعه مسلمانان را بدلیل روی گرداندن از خودش ملامت میکرد، اما در عین حال رفتار ابوبکر و عمر در مسند خلافت را می‌ستود و تخریب شخصیت آنها را نکوهش میکرد.[??] مادلونگ معتقد است که از آنجایی که در رسوم اعراب آن زمان، خصوصا رسوم قریش، جانشینی موروثی معمول بوده و قرآن بر اهمیت پیوند خونی میان پیامبران و خصوصا اهل بیت تاکید ورزیده‌است و اینکه انصار از خلیفه شدن علی حمایت می‌کردند، ابوبکر می‌دانست که تشکیل یک شورا برای انتخاب خلیفه به انتخاب علی می‌انجامد و به همین دلیل به شکل حساب شده‌ای جریان‌های سیاسی را برای خلیفه شدن خودش هدایت کرد.[??] از طرف دیگر لارا وسیا وگلییری در دانشنامه اسلام اینکه علی واقعا امید داشت تا جانشین پیامبر شود را مورد تردید می‌داند زیرا اعراب بعنوان قاعده رئیس خود را از میان ریش سفیدان انتخاب می‌کردند و علی در آن زمان تنها کمی بیش از سی سال سن داشت و اعتبار لازم برای جانشینی محمد را طبق سنن اعراب نداشت. وگلییری معتقد است که شیعه بوسیله ساختن احادیث یا تفسیر مطابق اعتقادات خود برای بعضی کلماتی که گفته می‌شود توسط محمد بکار رفته‌است به این موضوع اصرار دارند که پیامبر قصد داشته‌است تا علی را بعنوان جانشین خود انتخاب کند در حالی که جای شک نیست که در هنگام بیماری محمد سخنی در مورد جانشین خود بیان ننموده‌است.[?]
دوران خلافت عمر
به نوشته نویسندگان اسلامی علی از مشاوران عمر بود، که مشاوره از علی بیشتر در مورد امور شرعی بود و بخاظر احاطه علی بر قرآن و سنت بوده‌است. هرچند جای تردید است عمر توصیه‌های سیاسی علی را می‌پذیرفت یا نه. در طول زمامداری عمر و عثمان، علی هیچ سمت رسمی اداری، نظامی یا سیاسی‌ای را قبول نکرد؛ به جز سمت نیابت شهر مدینه[??] در زمانی که عمر به سفر فلسطین و سوریه رفته بود. در دوران خلافت عمر و عثمان او در هیچ یک از جنگهای این دو خلیفه حضور نداشته‌است.[?]
علاوه به خویشاوندی سببی (به سبب ازدواج وی با فاطمه دختر پیامبر و ازدواج پیامبر با حفصه دختر عمر بن خطاب)، وی دخترش ام کلثوم را به عقد عمر بن خطاب در آورد[??]
دوران خلافت عثمان
در دوران خلافت عثمان، علی به همراه صحابه دیگری از محمد از جمله طلحه و زبیر از منتقدان عثمان بودند. او عنوان می‌داشت که عثمان از سنت محمد دچار انحراف شده‌است. مهمترین موارد اختلاف با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی بود. علی اصرار داشت که «حدود الهی» باید اجرا شود. از جمله در قضیه شرب خمر ولید، حاکم کوفه، که گفته می‌شود حد به دست خود علی اجرا شد. او در امور سیاسی حداقل به لحاظ معنوی نیز سرکرده (یا از سرکردگان) مخالف عثمان شناخته می‌شد در قضیه تبعید ابوذر با وجود ممنوعیت تعیین شده توسط عثمان او با فرزندانش ابوذر را بدرقه کرد.[?]
برگزیده شدن به خلافت
پس از کشته شدن عثمان به دست شورشیانی از مصر و کوفه و بصره، نظرها بر علی و طلحه بود. در این میان اهالی مصر متمایل به طلحه بودند و انصار، بصریان و کوفیان تمایل بر خلافت علی داشتند. سرانجام در ?? ذیحجه سال ?? برابر ?? ژوئن ??? علی رسما به خلافت برگزیده شد.[??] علی پس از برگزیده شدن به خلافت از کشندگان عثمان و همچنین از فرقه‌ای که برای او جایگاه فوق بشری قائل بودند دوری جست.[?]
پس از خلافت بسیاری از قبیله قریش از او روی گرداندند چون او بر حقوق عشیره بنی هاشم که عشیره پیامبر بود دفاع می نمود. او همچنین متهم به این شد که از مجازات کشندگان عثمان خودداری می کند و سمت ها اداری را از طرفداران عثمان پاکسازی می کند. یکی از مهمترین مخالفان علی معاویه بود. معاویه فرماندار شام بود و از خویشان عثمان بود که بدین سبب خونخواهی کشندگان عثمان را حق خود می دانست.[?]
جنگ جمل
علی مورد حمایت انصار و مردم عراق بود. اما پیش از آنکه فرصت نماید که معاویه را سرکوب کند با شورش طلحه و زبیر مواجه شد. این دو به همراهی عایشه سر به شورش برداشتند و شهر بصره را تصرف کردند. علی با کمک نیروهایی که از کوفه که بعدها پایتخت او شد توانست شورشیان را در جنگ جمل شکست دهد.[?]